MD戦隊、水レンジャー！！！ はじめに みなさんこんにちは！ 前回の記事が思ったよりも長くなってしまったことと、内容が堅苦し過ぎたので今回の記事はネタに走りたいと思います(笑) テーマは水分子です！！私たちの周りにある『水』ですが、シミュレーショ…

はじめに 皆さん、こんにちは！ 明日試験なんですけど、現実逃避したいのでpythonを使った分子の初期構造の書き方を解説していきたいと思います！ lammpsを使っている人は既に他の言語をやっている人も多いと思いますが、python使えるようになると出力データ…

はじめに 今回の記事では、分子動力学法からわかる情報について解説したいと思います！ (次から実際のシミュレーションを再開するので、もう少しお付き合いください！) はじめに 分子動力学法で分かること 直接わかること ・温度 ・圧力 ・動径分布関数 ・拡…

はじめに(2020/01/12加筆) 今回の記事はlammpsで主に使われる分子動力学法の解説をしたいと思います。 (今回の記事は学問的なものなので問題点があればご指摘頂けると幸いです。) はじめに(2020/01/12加筆) 簡単な説明 原子に作用する力 is 何？ ①シュレーデ…

はじめに 前回紹介できなかったCONFIGファイルとParamファイルの解説を行います！！ はじめに 解説 ②CONFIGファイル ③Paramファイル さいごに 解説 ②CONFIGファイル #各種結合の設定 100 atoms 1 atom types 99 bonds 1 bond types 98 angles 1 angle types …

はじめに 今回は前回の記事で使用したファイルについて解説したいと思います！(※内容が多すぎるので分けました！) 今回解説する時にしたのはlammpdsの公式マニュアル(英語)です。英語読める人はそっちを参考にするのが良いと思うので以下をご覧ください。200…

はじめに 今回は前回の記事で作成した出力ファイルを可視化する方法を考えてみましょう！ はじめに ソフトの紹介 ①atomeye ②OVITO 使い方(OVITO) ①OVITOを起動する ②.cfgeファイルをウインドウにドラッグする ③粒子の色を指定する ④画像の保存先を指定する ⑤…

はじめに 皆さんこんにちは！ 今回はlammpsでシミュレーションをしてみたいと思います！ 扱うのはバネモデルです！さっそくやってみましょう。 はじめに 用意するファイル ・IN ・CONFIG ・Param シミュレーションの実行 ①ファイルを準備する ②lammpsを実行 …

はじめに 皆さんこんばんは！ 前回の記事でlammpsの導入をしましたが、単コアの環境しか出来ていなかったので並列化計算ができるようにしました！！ (lammpsのメリットは並列化ですもんね(^^♪) それではやりましょう。 はじめに 方法 ①必要なパッケージを選…

はじめに 皆さんこんにちは！ 今回はOCTAを実行できるように環境を構築しましょう。 (lammpsに比べたらかなり楽) 手順 ①OCTAのダウンロード OCTAを配布しているサイトでダウンロードします。 このダウンロードが鬼門で、かなりの確率でダウンロードがストッ…