【lammps】lammpsを実行できるようにするぞ！！！！(WindowsでLinuxを実行)
はじめに
みなさん、こんにちは！
今回はlammpsを使えるようにするために環境設定を行いたいと思います！
(並列計算がどうしてもできなかったので、今回は単コアの場合ですごめんなさい('_'))
以下の記事で導入できるようにしました！！
polymer-simulation-beginners.hatenablog.com
ダウンロード以前に・・・
lammpsはLinux上でしか動かないので、Windowsを使っている人は仮想環境を整えるなどしてLinuxを動かせるようにしましょう。私はWSLのUbuntuを利用しました。
(https://www.microsoft.com/ja-jp/p/ubuntu/9nblggh4msv6?activetab=pivot:overviewtab)
ダウンロードから起動まで
①webからダウンロードする
まずは以下のlammpsのホームページに移動して、自分の環境にあったパッケージをインストールしましょう。私は一番上のやつをダウンロードしました。
(https://lammps.sandia.gov/download.html)
②パッケージの解凍
ダウンロードしたファイルがあるディレクトリで以下のコマンドを実行しましょう。
sudo tar xvfmp lammps-stable.tar.gz(なんか公式のコマンドで実行したら色々エラーを吐いてきたので、このコマンドで解凍しました。)
③必要なパッケージを選択する
解凍が完了したらsrcフォルダに移動して自分が今後利用したいパッケージを選択します。lammpsにあるパッケージはsrcフォルダにいる時に
make psと入力すると確認できます。私の場合は『CLASS2』『KSPACE』『MOLECULE』『USER-MISC』『OPT』を選択しました。
パッケージを選択する際には
make yes-パッケージ名 (例.make yes-CLASS2)で指定できます。間違えた場合はyesをnoに変えるだけでアンインストールできます。
④実行プログラムを作成する
パッケージの選択が終わった後はsrcフォルダで
make serialを実行します。そうすると数分くらいで止まるのでsrcフォルダの中に『lmp_serial』が作成されたと思います。
⑤PATHを通す(※ターミナルを消すと設定が消えちゃうので書き直しました)
『lmp_serial』ファイルを間違って消さないように任意のフォルダに移動させます。
その後どこでもlammpsを実行できるようにPATHを通します。
まず任意の場所で、
vi .profileを実行する。これをするとviファイルが開ける。そこで
export PATH=$PATH:/(lmp_serialがあるディレクトリ)/と書き込みます。書き込んだらESCボタンを押して『:wq』を入力。そして
source ~/.bashrcを入力すれば設定が適用される。
さいごに
いかがだったでしょうか。大晦日の半日を費やすことで何とか書き上げることができました。おそらくどこかの段階でエラーが出るかもしれませんが、Linuxか各パソコンの環境に起因する問題だと思うので諦めずにトライしてみてください！！
以下に今回の記事を書くために利用したページを紹介しておきます。
参照
①lammpsのダウンロード(本家ホームページ)
https://lammps.sandia.gov/download.html
②WindowsにLinuxを導入するソフト
https://www.microsoft.com/ja-jp/p/ubuntu/9nblggh4msv6?activetab=pivot:overviewtab
③Macでの導入についても書いてある
http://www.hpci-office.jp/materials/ws_160219_yoshizawa.pdf
④lammpsのファイルが解凍できない時に見た(Cannot change mode to rwxrwxr-x: Operation not permitted)
https://siguniang.wordpress.com/2013/07/14/untar-gives-cannot-utime-operation-not-permitted/
⑤MPI並列計算の時に必要なパッケージを記したページ
http://www.hpci-office.jp/materials/ws_161004_yoshizawa.pdf
⑥Linux環境でlammpsを導入するときに使えそうなページ
https://winmostar.com/jp/manual_jp/installation/LAMMPS_install_manual_jp_linux.pdf
⑦PATHをLinuxで通す方法で参考にした
http://rnakato.hatenablog.jp/entry/2017/10/14/172350
